Diretoria Administrativa e Financeira - DAF: À DAF compete programar, controlar e avaliar as atividades orçamentárias e financeiras relacionadas com a aplicação dos recursos da Secretaria, além de planejar, coordenar, executar, controlar e avaliar as atividades relativas a recursos Humanos em geral.
Diretoria de Transportes Hidroviários - DTH: À DTH compete planejar, coordenar, executar, controlar e avaliar a política de transportes hidroviários do Estado do Pará, e melhoria da infra-estrutura hidroviária.
Diretoria de Transportes Terrestres - DTT: À DTT compete planejar, coordenar, executar nos aspectos de construção, restauração, melhoramentos e conservação dos sub-modais rodoviários, ferroviários e metroviários.
Diretoria de Transportes Aeroviários - DTA: À DTA compete planejar, coordenar e executar as atividades da aviação civil, e a melhoria da infra-estrutura aero-portuária no Estado do Pará.